Alan Wake, um escritor de bestsellers, não conseguia escrever nada há dois anos. Sua mulher, Alice, o levou para a pequena cidade de Bright Falls, para recuperar sua criatividade. Alan pega as chaves e o mapa de sua cabana alugada com uma mulher de véu preto que estava no lugar do dono da cabana que estava doente. Eles dirigem até uma cabana em Cauldron Lake. A medida que vão desempacotando a bagagem, Alan descobre que Alice trouxe uma máquina de escrever, com esperanças de que ele pudesse começar a escrever um novo livro. Nervoso com sua persistência, Alan sai da cabana para caminhar, e momentos depois ouve sua esposa gritar. Ele vê que alguma coisa puxou Alice para as águas do lago, e ele pula para salvá-la, mas perde a consciência ao entrar em contato com a água.
Alan acorda em um acidente com seu carro. Ele começa a fazer seu caminho de volta para a cidade, encontrando várias criaturas do folclore da cidade de Bright Falls cobertas pela escuridão que querem lhe matar; Alan descobre que a luz é a única arma que pode parar essas criaturas. Ele também se depara com uma aparição fantasmagórica de um mergulhador, que joga páginas de um manuscrito para Alan coletá-los. Alan reconhece que esse é um manuscrito seu, mas não lembra de tê-lo escrito, mas o manuscrito o avisa das criaturas vai encontrar e o que vai acontecer, assim, podendo escapar com segurança. Na cidade, Alan descobre que ficou desaparecido por uma semana desde quando pulou no lago, e ele fica ainda mais confuso quando a xerife Sarah Breaker mostra-lhe que nenhuma ilha ou cabana existiu no lago por quase 30 anos. Barry, amigo de Alan e seu agente, logo aparece na cidade para ajudar Alan com o desaparecimento de sua mulher, e o caso atraiu o interesse do agente do FBI Robert Nightingale que acredita que Alan está por trás do desaparecimento de Alice.
Um homem que se apresenta como o sequestrador diz para Alan ficar longe do FBI; e que ambos são procurados pela entidades das sombras. Alan vai até o homem, que revela que não sequestrou Alice mas que precisa alertar a Alan sobre a Presença Sombria que habita Cauldron Lake e o que está controlando as criaturas, os Taken, que o perseguem. O homem explica que essa Presença Sombria tem a habilidade de transformar a ficção em realidade, e que ela usou Alan para criar um modo de escapar do lago e que Alan tem que pará-la. A Presença Sombria, toma forma de um furacão negro, que engole o homem; Alan consegue fugir, mas cai em um lugar distante e inconsciente. Alan acorda no Alojamento de Cauldron Lake, um hospital para doentes mentais. Ele conhece dois velhos roqueiros, Os irmãos Anderson, que tem uma pista de como derrotar a Presença Sombria em sua fazenda. A Presença Sombria aparece no alojamento, mas Alan escapa com a ajuda de Barry, e eles vão para a fazenda dos Anderson. Lá, descobrem que essa mulher, Cynthia Weaver, tem uma arma que pode destruir a Presença Sombria. Os dois passam a noite na fazenda dos Anderson bebendo. Em seus sonhos, Alan relembra o que aconteceu na semana que ficou desaparecido, onde ele foi forçado pela Presença Sombria a escrever sua fuga. Porém, Alan subconscientemente, guiado pelo espírito de Thomas Zane, que foi o outro escritor que prendeu à Presença Negra, coloca elementos que lhe permitem escapar do lago, incluindo a criação do espírito de Thomas em forma de mergulhador. O acidente de carro foi resultado de sua tentativa fracassada de escapar.
Os dois são encontrados pelo Agente Nightingale na manhã seguinte, mas a Presença Sombria ataca o grupo. Alan, Barry, e Sarah escapam e vão a uma central hidroeléctrica abandonada onde Cynthia estava escondida. Cynthia cumprimenta o grupo e diz para Alan que na "Sala Bem Iluminada" é onde ele vai encontrar a arma para derrotar a Presença Sombria, um interruptor chamado Clicker que Thomas colocou na história de Alan. Alan volta ao lago, e se encontra com a Presença Sombria, e usa o Clicker para derrota-lá.
No entanto, Alice permanece no lago, e Alan percebe que, para manter o equilíbrio, ele terá que voltar para dentro do lago para permitir Alice escapar. Depois de Alan pular no lago, Alice emerge, voltando em segurança para terra. Nas cenas finais, Alan é visto na máquina de escrever na cabana, começando a escrever seu novo trabalho. As últimas palavras de Alan no jogo são, "Não é um lago; é um oceano…"
Alan Wake é um jogo de ação com forte narrativa. O jogo acontece na pequena cidade fictícia de Bright Falls, Washington, mostrando várias partes diferentes da cidade, como a floresta, um parque e uma fazenda. O jogo apresenta um ciclo de dia e noite, porém, ele é controlado pelo jogo para criar suspense e drama em determinados momentos do jogo.
Durante o dia, o jogador podem interagir com os outros personagens não jogáveis para saber mais sobre a cidade de Bright Falls. Já a noite, o jogo passa a ter ação, que é onde a luz desempenha um papel importante na jogabilidade. Por exemplo, os inimigos "humanos" no jogo, chamado de "Os Taken", só podem ser atingidos ao eliminar a escuridão que os cobre com a luz da lanterna. A luz da lanterna pode ser forçada, para assim queimar a escuridão mais rapidamente, mas isso reduz a carga da bateria da lanterna. Portanto, além de ter que se preocupar em recarregar a arma de fogo quando a munição acaba, o jogador também tem que inserir baterias novas na lanterna, ou esperar ela se recarregar lentamente. Além do mais, os jogadores são encorajados a tomar vantagem sobre a luz do ambiente, e a usar outros fontes de luz como Pistolas sinalizadoras, Sinalizadores eGranadas de luz. A energia do personagem se regenera lentamente, mas se o jogador ficar debaixo de uma forte fonte de luz como postes ela se recupera rapidamente.
Um elemento importante da jogabilidade é colecionar as páginas de um manuscrito do último livro de Alan Wake, Departure. Wake não se lembra de ter escrito este livro, mas a história gira em torno do que está escrito nele. Estas páginas do manuscrito estão espalhadas pelo jogo, fora da ordem cronológica; Portanto, eles geralmente descrevem cenas que ainda não aconteceram e agem como um aviso e as instruções de como prosseguir nos episódios do jogo. Outros itens colecionáveis incluem garrafas térmicas de café, televisores que mostram vários episódios da série Night Springs, rádios em que se ouve a programação da rádio local, e as placas que falam da cultura e história da cidade. Nos DLCs do jogo há outros itens colecionáveis como relógios despertadores e jogos de videogame.
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